CentOS7でpassenger-configやpassenger-statusがエラーになる。

CentOS Linux release 7.2.1511 (Core)
Apache/2.4.6 (CentOS)
Phusion Passenger 5.0.23 (passenger-install-apache2-moduleでインストール)

$ passenger-config restart-app
*** ERROR: Phusion Passenger doesn't seem to be running. If you are sure that it
is running, then the causes of this problem could be one of:

 1. You customized the instance registry directory using Apache's
    PassengerInstanceRegistryDir option, Nginx's
    passenger_instance_registry_dir option, or Phusion Passenger Standalone's
    --instance-registry-dir command line argument. If so, please set the
    environment variable PASSENGER_INSTANCE_REGISTRY_DIR to that directory
    and run this command again.
 2. The instance directory has been removed by an operating system background
    service. Please set a different instance registry directory using Apache's
    PassengerInstanceRegistryDir option, Nginx's passenger_instance_registry_dir
    option, or Phusion Passenger Standalone's --instance-registry-dir command
    line argument.

原因

Passengerのinstance registry directory（Apacheの場合はPassengerInstanceRegistryDir、Nginxの場合はpassenger_instance_registry_dir）が見つからないのが原因。
instance registry directoryを明示的に指定していない場合のデフォルトは/tmpなので、instance registry directoryは/tmp下に作成されるが、SystemdのPrivateTmpオプションがhttpdで有効になっている（デフォルト）ため、httpd専用の/tmp（実際には/tmp/systemd-private-XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX-httpd.service-XXXXXX/tmp）に作成される。このディレクトリが、別プロセスであるpassenger-configやpassenger-statusには見つけられないのだ。

SystemdのPrivateTmpによって発生する問題なので、RHEL7やAmazon Linux 2でも同様だろう。

解決方法1: PassengerInstanceRegistryDirを明示的に指定する

SystemdのPrivateTmpは有効にしたままで対処する方法。
Passengerのinstance registry directoryがhttpd専用の/tmpに作成されないように、明示的に指定する。

（Apacheの場合）
/etc/httpd/conf/httpd.conf

PassengerInstanceRegistryDir /var/run/passenger-instreg

/var/run（=/run）に置くファイル、ディレクトリは、再起動すると削除されてしまうので、tmpfiles.dに設定が必要。
詳細は、man 5 tmpfiles.d を参照。

/etc/tmpfiles.d/passenger.conf

D /var/run/passenger-instreg 0755 root root

passenger-status、passenger-configを実行するユーザにPASSENGER_INSTANCE_REGISTRY_DIRの設定が必要。

~/.bash_profile

export PASSENGER_INSTANCE_REGISTRY_DIR=/var/run/passenger-instreg

capistrano-passengerを使用している場合は、デプロイ後のpassenger-config restart-appでPASSENGER_INSTANCE_REGISTRY_DIRの指定が必要なので、該当するステージのデプロイレシピに以下を追加する。

set :default_env, {
  ...（略）..,
  "PASSENGER_INSTANCE_REGISTRY_DIR" => "/var/run/passenger-instreg"
}

以上を設定したら、システムを再起動する。

解決方法2: httpd.serviceのPrivateTmpを無効にする

SystemdのPrivateTmpをhttpdで無効にしてしまう方法。

$ sudo systemctl edit httpd.service

[Service]
PrivateTmp=false

保存後、httpdを再起動する。

$ sudo systemctl restart httpd.service

/usr/lib/systemd/system/httpd.service を /etc/systemd/system にコピーすると、/etc/systemd/system に置いたファイルが優先される。コピーしたhttpd.serviceのPrivateTmpをfalseに変更する。

/etc/systemd/system/httpd.service

...（略）
PrivateTmp=false
...（略）

変更後、

$ sudo systemctl daemon-reload
$ sudo systemctl restart httpd.service

情報源: CentOS 7 で Phusion Passenger の passenger-status を実行するとエラーとなる - Qiita
お前らもさっさとハマって泣くべきCentOS7の落とし穴4つ - Qiita
Handle systemd PrivateTmp #1475
Systemd入門(5) - PrivateTmpの実装を見る - めもめも