1. ユーザ「pma」を作成
2. phpMyAdminDir/scripts/create_tables_mysql_4_1_2+.sqlでデータベースとテーブルを作成する。

mysql -u root -p mysql < create_tables_mysql_4_1_2+.sql

3. pmaにphpmyadminデータベースへの特権を付与。
4. phpMyAdminDir/config.sample.inc.phpの以下の部分を、config.inc.phpにコピーして、コメントをはずす。

/* User for advanced features */
// $cfg['Servers'][$i]['controluser'] = 'pma';
// $cfg['Servers'][$i]['controlpass'] = 'pmapass';
/* Advanced phpMyAdmin features */
// $cfg['Servers'][$i]['pmadb'] = 'phpmyadmin';
// $cfg['Servers'][$i]['bookmarktable'] = 'pma_bookmark';
// $cfg['Servers'][$i]['relation'] = 'pma_relation';
// $cfg['Servers'][$i]['table_info'] = 'pma_table_info';
// $cfg['Servers'][$i]['table_coords'] = 'pma_table_coords';
// $cfg['Servers'][$i]['pdf_pages'] = 'pma_pdf_pages';
// $cfg['Servers'][$i]['column_info'] = 'pma_column_info';
// $cfg['Servers'][$i]['history'] = 'pma_history';
// $cfg['Servers'][$i]['designer_coords'] = 'pma_designer_coords';